Die Gesamtheit aller Mikroorganismen, Bakterien, Viren, Pilze und andere Kleinstlebewesen, die im menschlichen Darm leben. Allein im Dickdarm siedeln schätzungsweise 100 Billionen Mikroorganismen aus Tausenden verschiedener Arten. Das Mikrobiom ist maßgeblich an der Verdauung von Ballaststoffen, der Produktion bestimmter Vitamine und der Schulung des Immunsystems beteiligt. Es kommuniziert über Botenstoffe und Nervenbahnen mit dem Gehirn und beeinflusst so auch Stimmungslage und Stressverarbeitung. Ein gestörtes Gleichgewicht (Dysbiose) wird mit funktionellen Verdauungsstörungen und chronischen Entzündungen in Verbindung gebracht. In der Osteopathie gilt das Mikrobiom als Teil eines funktionellen Gesamtsystems: mechanische Spannungen, vegetative Dysbalancen und eingeschränkte Organbeweglichkeit werden als mögliche Einflussfaktoren auf das Darmmilieu betrachtet.